颜福庆对中国医学教育的影响是多方面的。从推动创建医学教育标准体系，到兼收并蓄创造中国医学教育模式；从整合社会资源推动医学现代化，到促进中美医学合作等等，他开创了一系列中国医学教育的先河，为后人留下了宝贵的财富。
一、推动建立中国医学教育标准体系
上世纪二十年代，中国医学界普遍缺乏医学教育标准体系，导致医学教育体系混乱，管理不到位。医学院校各行其道，有的按照德国、日本标准办学，有的与英美大学医学院合办，发放外国医学院文凭；医学院校没有统一教材和语言标准，缺乏统一的科目设置，等等。此外，当时对医生的管理也非常缺失，没有医生资格考试制度，医生大多是“江湖医生”。
针对上述现象，颜福庆联合医学教育界同仁，成立中华医学教育委员会，亲自出任主席，并多次代表委员会敦促当时的中央政府承担起应有责任，对中国医学教育中存在的问题给予高度重视。在颜福庆等人的积极推动下，1933年教育部颁布了医学教育科目标准，1937年新型的国立医学院校逐步建立，原有的私立学校纷纷到教育部注册，接受教育部颁布的医学教育标准。由此，国内医学教育逐步由杂乱无章的局面，朝着规范有序的方向发展。
二、兼收并蓄创造中国医学教育模式
1914年颜福庆在考察国内医学教育现状时，发现当时办学存在着三种模式：一是教会主办，以英美体系为主；二是外国政府或组织与中国私人团体合办，主要是德日学堂；三是中国政府与私人团体合办，以军官医学堂为主。他认为当时所有医学校的模式，都只是对外国学校的模仿与复制，没有考虑中国社会和民众的实际需求。为此，他博采众长，将德日、英美医学派系特点兼收并蓄，最终创建了适合中国国情的现代医学教育模式。
当时，医务界德日和英美两大学术派系间的争斗从政府卫生管理体系延伸到了医学院校的教学模式，但两个派系的冲突到了颜福庆这里却被转换成为可供借鉴的经验和资源。如按学派划分，颜福庆属于英美体系，但在上海医学院创办之初，他就抛开门户之见，聘请了德国留学生谷境?F担任医学院的教务处长，希望将德国医学注重基础研究、严谨求实的作风注入到教学模式中，“严谨求实”的学风后来成为上海医学院区别于其他医学院校的重要标志。
1937年颜福庆发起倡建了上海医事中心，这使他致力于创造中国式现代化医学教育模式的理想成为现实。该中心以上海医学院为中心，由中山医院、教学医院、药学院、护士学校和公共卫生学院组成。当时他借鉴美国约翰·霍普金斯的医学教育模式，保证医学院拥有充足的办学经费和设备、管理良好的实验室、专注于科研和教学的教师、供临床教学使用的附属医院；校纪校风以德国严谨、注重基础研究的特色为主；同时关注社会、区域性的公共卫生保健。颜福庆这种兼收并蓄的做法，开创了适合中国国情的现代化医学教育模式。
三、整合各界资源，支持医学教育
作为医学教育的创建者，颜福庆非常清楚地意识到现代医学和医学教育构建过程中，仅专注于实验室和医学是远远不够的，经济力量和社会资源是不容忽视的。为此，他规划了一个开放的、国际化的教育模式，利用其在中国医学界的影响力和颜氏家族在中国政界的人脉关系，将社会、经济和政治资源运用到医学教育中，创建了一套独一无二的管理和监督模式。
颜福庆通过成立上海医事事业董事会和经济委员会，整合社会资源，推动医学事业的发展。医事委员会的经济资助来自洛克菲勒基金会、英国庚子赔款基金信托委员会、上海五洲大药房等。董事会聘请当时的财政部长孔祥熙担任董事长，会员集聚了中国政界、金融界和卫生界的实权人物，包括当时的行政院秘书长诸民谊、立法院长孙科、中央经济委员会常委宋子文、上海市市长吴铁成、卫生署署长刘瑞恒，教育部部长朱家骅、上海银行总经理陈光甫、著名实业家刘鸿生，还有能在上海滩呼风唤雨的杜月笙。
颜福庆还以个人力量筹集百万元资金创建中山医院，推动医学教育为百姓大众服务，这在当时是非常了不起的。
四、首开中美医学交流先例
1914年成立的湘雅医学院是中美医学交流的重要成果。在此之前，中国已有西方人办的医学院校，且多为基督教会开办，具有很强的独立性和宗教性。湘雅医学院是在颜福庆的推动下，由美国雅礼会与湖南省政府合办，它开启了近代中国高等医学教育史上中外合作办学的先例，使现代西方高等医学教育正式引入中国。在办学过程中颜福庆进一步强化本土色彩，最终使湘雅医学院成为中国人自己的医学高等学府。
作为首任校长，颜福庆长期主持湘雅医学院的工作，积极传播西医理论，培养了一大批现代医学高级人才，如张孝骞、汤飞凡、魏曦、李振翩、谢少文等人，都成为卓有成就的医学大家。在颜福庆加强交流、扩大合作的思想指导下，湘雅医学院师生利用现代西医技术，认真从事医学实践，促进当地卫生事业发展，造福社会。
颜福庆一生中创办了两所医学院，即上海医学院和湘雅医学院。这两所医学院从开办之初，就承载着颜福庆深刻厚重的医学教育思想，纵然经历了战火纷飞、社会动荡等不同时期，仍一直在不断发展延续，直到近一个世纪后的今天，依然闪烁着光芒，启迪后人。
颜福庆还倡导湘雅医学院的学术争鸣与思想多元。1919年毛泽东主编的《湘江评论》被查封之后，他允许学生会龙伯坚等人邀请毛泽东来湘雅医学院主编《新湖南》。此外，他还注重专业多元发展和创新，曾从事外科、眼科工作，又研究热带病学，直至专攻公共卫生学。颜福庆的这些主张与做法，体现了他非凡的胆识和气魄、广博的知识和胸怀、深邃的眼光和判断、扎实的技艺和功夫，以及自我牺牲的优秀品格。